Nach dunkeltonigen figurativen, teils sich am expressionistischen Duktus Georges Rouaults orientierenden, teils an Paula Modersohn-Becker erinnernden Anfängen wendet sich Paul Stöckli einer ungegenständlichen, dem Informel nahen Malerei zu. Ein Auslöser dafür mögen die Aufträge für Kirchen sein. Für das Wandbild in der Oltener Marienkirche reduziert Stöckli 1953 die Kreuzweg-Szenen auf einfache und klare, leicht lesbare Zeichen. Bald findet er in den Beton-Glasmalereien (zum Beispiel in der Kirche Obergösgen 1954–1955) eine schlichte, aber kräftige und mitunter auch dynamische Liniensprache im Sinn östlicher Kalligrafien. Hier schliesst sein nach dem 65. Lebensjahr entstandenes Werk an, das ihn bis zu seinem Tod täglich beschäftigt: Collagen aus geschnittenen und in freier Assoziation wieder zusammengesetzten bemalten Kartonstücken oder Papierfragmenten und die auf entfaltete Zeitungen gekritzelten, gezeichneten und gemalten Tagebuchblätter. Collagen und Tagebuchblätter sind von einem regelmässigen Fluss geprägt, welcher die Formen und Farben und alle die subtilen, nuancenreichen Abstufungen und Schattierungen in einem natürlichen, selbstverständlichen und zwanglos sich ergebenden Prozess heranwachsen lässt. Mitunter schleichen sich wie zufällig figurative Elemente in dieses freie und trotz der vielen Grautöne oder des vielen Schwarz unbekümmert-heitere Spiel ein – so in den grossen Collagen, die Paul Stöckli 1986 im Kunstmuseum Luzern zeigt, und in manchen Tagebuchblättern.

Das Radieren begleitet Paul Stöckli während des ganzen Lebens. Die frühen Blätter zeigen Strassen-, Jahrmarkt- und Fasnachtsszenen, aber auch Porträts. Später verlässt der Künstler auch hier das Feld des inhaltlich Fassbaren und sucht das frei sich entwickelnde Spiel der Formen und Tonwerte.

Werke: Öffentliche Kunstsammlung Basel, Kunstmuseum; Ingenbohl, Klosterkirche, Deckenmalerei und Glasfenster, 1970–1973; Kriens, Bruder-Klaus-Kirche, Kreuzweg, 1952–1960, Wandteppich; Kunstmuseum Luzern; Luzern-Tribschen, Kirche St. Anton, Mosaiken und Glasmalerei, 1958–1959; Münchwilen, katholische Kirche, Deckenmalerei und Glasmalereien, 1962; Oberengstringen, katholische Kirche, Wandbehänge, 1964; Obergösgen, katholische Kirche, Glas-Beton-Fenster und Glas-Eisen-Fenster, 1954–1955; Kunstmuseum Olten; Olten, Marienkirche, Kreuzweg, 1953, Wandbild; Stans, Nidwaldner Museum; Zollikerberg, reformierte Kirche, Glasmalereien, 1963–1965; Zürich-Altstetten, Friedhof Eichbühl, Holzrelief, 1966; Kunsthaus Zug.